prikaz prve stranice dokumenta Analiza metagenoma ekstremnih okoliša
  Preuzmi
PDF 1.29 MB
diplomski rad
Analiza metagenoma ekstremnih okoliša
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2009. urn:nbn:hr:217:366208
Roller Milošević, Maša
Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
Biološki odsjek

Institucijski repozitorij: Repozitorij Prirodoslovno-matematičkog fakulteta

Citirajte ovaj rad

Roller Milošević, M. (2009). Analiza metagenoma ekstremnih okoliša (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:366208

Roller Milošević, Maša. "Analiza metagenoma ekstremnih okoliša." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2009. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:366208

Roller Milošević, Maša. "Analiza metagenoma ekstremnih okoliša." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, 2009. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:366208

Roller Milošević, M. (2009). 'Analiza metagenoma ekstremnih okoliša', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, citirano: 25.11.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:366208

Roller Milošević M. Analiza metagenoma ekstremnih okoliša [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet; 2009 [pristupljeno 25.11.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:366208

M. Roller Milošević, "Analiza metagenoma ekstremnih okoliša", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2009. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:366208

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:217:366208
Podaci o radu
NaslovAnaliza metagenoma ekstremnih okoliša
Naslov (engleski)Analysis of metagenomes in extreme environments
AutorMaša Roller Milošević
MentorKristian Vlahoviček (mentor)
Član povjerenstvaMirjana Kalafatić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaDijana Škorić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Prirodoslovno-matematički fakultet
(Biološki odsjek)
Zagreb
Datum i država obrane2009, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		PRIRODNE ZNANOSTI
Biologija
Sažetak
Samo je malen broj bakterija prisutnih u biosferi moguće uzgojiti u laboratorijskim uvjetima, i stoga sve veća količina znanja o raznolikosti genoma prokariota dolaze iz direktne analize DNA iz okoliša pomoću visokoprotočnih metoda skupnog naziva Metagenomika. Metagenomom se naziva skup svih gena nekog mikrobnog okoliša. Poznato je da prokariotski genomi pokazuju značajnu nejednakost u korištenju sinonimnih kodona (CUB) (prema eng. codon usage bias). CUB je izravno povezan s razinom ekspresije gena stoga što su kodoni koje koriste visokoeksprimirani geni komplementarni s najrasprostranjenijim tRNA u organizmu. Dakle, CUB gena se može povezati s razinom ekspresije gena kroz translacijsku optimizaciju. Analizom različitih metagenomskih uzoraka pokazali smo da je moguće primijetiti nejednako iskorištenje kodona unutar pojedinog mikrobnog okoliša, kao i da je takvo svojstvo moguće iskoristiti za predviđanje razine ekspresije gena na razini cjelokupnog mikrobnog ekosustava. Primjena ovog pristupa omogućuje istraživanje genske adaptacije mikrobnih organizama na okoliš.
Sažetak (engleski)
Not all prokaryotes are amenable to cultivation in laboratory conditions, and increasing amounts of knowledge about microbial diversity is gained from direct sampling of DNA from environments. A rapidly developing field that studies whole microbial communities is metagenomics, the culture‐independent genomic study of organisms extracted directly from an ecological niche. Prokaryotic genomes show strong codon usage bias (CUB). CUB is directly correlated with expression levels of genes because codons used by genes expressed at high levels are encoded for by the most abundant tRNAs. Therefore, the CUB of a gene can be linked to its expression level through translational optimization. We show that metagenomes, much like genomes, also show CUB and that this phenomenon can be used to predict the expression level of genes at the level of the entire microbial community. We analyzed adaptation of organisms in metagenomes to their extreme environments through this approach.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:217:366208
Studijski programNaziv: Molekularna biologija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra molekularne biologije (mag. biol. mol.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2018-03-16 11:50:38