Antibiotici su lijekovi koji se koriste za liječenje infekcija uzrokovanih bakterijama. Antibiotska terapija može biti ciljana, empirijska i profilaktička. Terapija također može biti sustavna ili lokalna. Sustavna terapija antibioticima u dječjoj dentalnoj medicini koristi se u liječenju odontogene infekcije, traume zuba, ozljeda mekih tkiva, parodontnih bolesti, bakterijskih upala žlijezda slinovnica. U terapiji odontogenih infekcija sustavna terapija indicirana je samo kada uz lokalnu infekciju postoje znakovi sustavne zahvaćenosti u vidu povišene tjelesne temperature, prodora infekcije kroz kortikalis, širenja u meka tkiva te pojave limfadenitisa. Najčešće korišteni antibiotici u dječjoj dentalnoj medicini su penicilini, cefalosporini, makrolidi, klindamicin, tetraciklini i metronidazol. Empirijski se u sustavnoj terapiji najčešće ordinira amoksicilin ili amoksicilin s klavulanskom kiselinom ukoliko pacijent nije alergičan na peniciline. Profilaktička primjena antibiotika podrazumijeva premedikaciju za zahvate koji uključuju krvarenje, a rezervirana je za rizične pacijente koji imaju visoki rizik od razvoja infektivnog endokarditisa te za zaštitu pacijenata oslabljene imunosti od infekcija. U profilaksi se također koristi primarno amoksicilin pola sata prije zahvata. Za pacijente alergične na penicilin alternativa je klindamicin ili neki od makrolida, iako novije smjernice umjesto klindamicina preporučuju primjenu tetraciklina (doksiciklin). Lokalna antibiotska terapija poglavito se koristi u endodontskim zahvatima za uništavanje mikroorganizama i poboljšanje cijeljenja.